（1）分別計算在業(yè)務（1）中該制藥公司應當扣繳的企業(yè)所得稅、增值稅、城市維護建設(shè)稅、教育費附加及地方教育附加金額。

該制藥公司應當扣繳企業(yè)所得稅=120/（1+6%）×20%×25%=5.66（萬元）
【提示】題目告知“境外股東企業(yè)常年派遣指導專員駐本公司并對其工作成果承擔全部責任和風險”，那么該專員視為非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立的機構(gòu)、場所，所以適用25%的企業(yè)所得稅稅率。
應當扣繳增值稅=120/（1+6%）×6%=6.79（萬元）
應當扣繳城市維護建設(shè)稅=6.79×7%=0.48（萬元）
應當扣繳教育費附加=6.79×3%=0.20（萬元）
應當扣繳地方教育附加=6.79×2%=0.14（萬元）

（2）分別計算業(yè)務（2）中各業(yè)務應調(diào)整的應納稅所得額。

殘疾人員工資40萬元應按100%加計扣除。應調(diào)減應納稅所得額40萬元。
可以扣除的職工福利費限額=1200×14%=168（萬元）
應調(diào)增應納稅所得額=180-168=12（萬元）
可以扣除的工會經(jīng)費限額=1200×2%=24（萬元）
應調(diào)增應納稅所得額=25-24=1（萬元）
可以扣除的職工教育經(jīng)費限額=1200×8%=96（萬元）
本年職工教育經(jīng)費支出可全額扣除，并可扣除上年結(jié)轉(zhuǎn)的未扣除額5萬元。
應調(diào)減應納稅所得額5萬元。
為投資者支付的商業(yè)保險費不能稅前扣除，應調(diào)增應納稅所得額10萬元。

（3）分別計算業(yè)務（3）中各業(yè)務應調(diào)整的應納稅所得額。

計算廣告費和業(yè)務招待費扣除限額的計算基數(shù)=5500+400=5900（萬元）
可以扣除的廣告費限額=5900×30%=1770（萬元）
當年發(fā)生的800萬元廣告費無須作納稅調(diào)整，但非廣告性質(zhì)的贊助支出不能在稅前扣除。
應調(diào)增應納稅所得額50萬元。
可以扣除的業(yè)務招待費限額1=5900×5‰=29.5（萬元）
可以扣除的業(yè)務招待費限額2=60×60%=36（萬元）
扣除限額29.5萬元。
應調(diào)增應納稅所得額=60-29.5=30.5（萬元）
【提示】對化妝品制造或銷售、醫(yī)藥制造和飲料制造（不含酒類制造）企業(yè)發(fā)生的廣告費和業(yè)務宣傳費支出，不超過當年銷售（營業(yè)）收入30%的部分，準予扣除；超過部分，準予在以后納稅年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。

（4）計算業(yè)務（4）應調(diào)整的應納稅所得額。

研發(fā)費用可按75%加計扣除。
應調(diào)減應納稅所得額=100×75%=75（萬元）

（5）分別計算業(yè)務（5）中各業(yè)務應調(diào)整的應納稅所得額。

通過縣級政府向目標脫貧地區(qū)捐贈120萬元可以全額扣除，不需要作納稅調(diào)增。
直接向某學校捐贈20萬元不能稅前扣除，應調(diào)增應納稅所得額20萬元。

（6）分別計算業(yè)務（6）應調(diào)整的應納稅所得額和可以抵免的應納稅額。

可以抵免的應納所得稅額=300÷1.13×10%=26.55（萬元）
可以免稅的所得額=20-12=8（萬元）
應調(diào)減應納稅所得額8萬元。

（7）計算業(yè)務（7）應調(diào)整的應納稅所得額。

撤資中相當于被投資公司累計未分配利潤和累計盈余公積按減少實收資本比例計算的部分，應確認為股息紅利所得，符合條件的免征企業(yè)所得稅。應調(diào)減應納稅所得額10萬元。

（8）計算該制藥公司2019年應納企業(yè)所得稅稅額。（2014年考題改編）

會計利潤=5500+400+300-2800-300-210-420-550-900-180+120=960（萬元）
應納稅所得額=960-40+12+1-5+10+50+30.5-75+20-8-10=945.5（萬元）
應納所得稅額=945.5×25%-26.55=209.83（萬元）。